(podría ser
- lo que más le interesó,
- lo que resultó ser novedoso,
- lo que causó un cambio de punto de vista sobre algo ya conocido, etc
(sobre lo que le gustaría aprender/expander más de lo que ya vimos en clase, en lecturas, en ejercicios, etc, )
3. Cumplió con sus expectativas de esta parte?
Por favor escriba las respuestas en un comentario aqui con SU NOMBRE y titulo de la clase(s) y fecha.
Gracias!
1.En los landmarks y semi landmarks existe algún intervalo de confianza para el error en la precisión? Esto es interesante dado que los resultados y conclusiones están con base en esta al asignarlas.
ResponderEliminarPor otra parte es común cometer el error de cooplanaje y coplanaridad al colocar los landmarks o semilandmarks, por lo cual es necesario digitalizar a los especímenes en el mismo plano o ángulo, ya que son estructuras 3d que se proyectan a 2d al momento de digitalizar los especímenes y esto puede aumentar el error.
2. Existe alguna forma de orientar una imagen sin landmarks para que el punto más distal o proximal sea considerado como landmark ?
3. Me parece muy buena idea empezar con definiciones y problemáticas tanto en la digitalización como durante la colocación de puntos homólogos.
Clase 1
Jorge Chollet 11/03/2013
Clases 1, 2 y 3
ResponderEliminar1.1- La estadística euclidiana que conocemos NO DEBE aplicarse a la Morfometría Geométrica.
1.2- La MG no es una herramienta perfecta implica o combina muchos errores.
1.3- Cada una de las marcas NO DEBEN interpretarse por separado, estos componen una configuración y esa sí se interpreta.
2.1- ¿Cómo disminuir los grados de libertad que añade cada marca cuando se van a realizar los análisis estadísticos?
2.2- ¿Podríamos indagar un poco más en el uso de la MG para estudiar la asimetría?
3.- Si cumplió mis expectativas.
Francys Avendaño
CLASES 1, 2 Y 3
ResponderEliminar1.- Uno de los puntos que más me interesó es conocer los errores que puedes cometer a la hora de trabajar con morfología geométrica, y también saber como minimizarlos, y otra cosa que me pareció relevante fue la diferencia entre usar marcas y semi-marcas.
2.- ¿Como ajustar las semi marcas y que diferencia hay en el procedimiento de los programas computacionales cuando tienes semi marcas?
3.- Esta parte ha cumplido mis expectativas.
Consuelo Lorenzo. Tarea 1. 11 de marzo de 2013.
ResponderEliminarRespuesta a pregunta 1.Me interesó conocer las diferencias que existen entre la morfometría tradicional y la geométrica, y me sorprendió saber que: 1) la morfometría geométrica no es tan precisa como creía, en particular con todos los errores que pueden estar implícitos, 2) la morfometría geométrica se maneja con propiedades matemáticas, estadísticas y programas computacionales diferentes con respecto a la morfometría tradicional, 3 ) los puntos a utilizar son un número, y se maneja como tal. Creo que la morfometría geométrica es una herramienta importante para determinar variaciones en forma y comparación de la misma en el taxa de interés, considerando los objetivos de clasificar, discriminar y detectar cambios.
Respuesta a pregunta 2.
A través de ejercicios y lecturas, identificar claramente el registro y comparación de hipótesis estadísticas y delimitación de marcas útiles para conocer la variación en forma, así como el tratamiento de datos e interpretación de los mismos.
Respuesta a pregunta 3.
Si.
Hola, lo mas interesante y que cambio mi punto de vista, de esta primera clase, pues no lo sabia es que no podemos aplicar métodos estadísticos "tradicionales" para la interpretación de la morfometría tradicional; ademas de tener una N representativa y tratar de aleatorizar la toma de los datos.
ResponderEliminar¿Podriamos realizar un ejercicio sencillo con morfometría bayesiana?
La primera clase fue muy enriquecedora ya que muchos de los tratamientos de los datos no los conocía, ahora sera mas fácil no cometer errores.
1. Lo más importante es comprender que el análisis por marcas y semimarcas arroja como resultado final el comportamiento de un conjunto de puntos en función de la forma y que si yo pretendierá evaluar la forma del ápice, de la base, y de la parte distal y proximal de una hoja se podría hacer de forma independiente, ya que el análisis arrojará un número complejo que es la medida de cada forma independientemente.
ResponderEliminarLo segundo más importante es que la elección de las marcas y semimarcas no es trivial. Si bien hay puntos de referencia (naturales idealmente) para evaluar la forma en superficies curvas, como las hojas, uno podría utilizar semimarcas que proporcionan un análisis detallado de la forma.
2. ¿Hay alguna forma estadística exploratoria que permita fijar el mínimo número de marcas y/o semimarcas que deban ser utilizados eliminando aquellos que no arrojen información sobre la variación de la forma?
Una pregunta secundaria sería ¿El número complejo, a la que se hace referencia como resultado del análisis, es de tal magnitud que puede ser considerado como una variable geográfica que pudiera ser utilizada en procesos de interpolación geoestadística, o bien, para integrar una matriz de datos en dónde se puedan incorporar datos funcionales?
3. Sí cumplió con mis expectativas, de hecho el comienzo me ha parecido muy interesante y sobretodo me han generado demasiadas expectativas, en parte porque de morfometría solamente tenía las nociones de la visión tradicional.
Andrés Torres-Miranda
Arturo Sánchez González
ResponderEliminarPrimera Clase, 11 de marzo de 2013
Estimados profesores del curso, estas son mis respuestas:
Respuesta 1. Lo más interesante es cambiar la forma de ver los analisis y pensar en un conjunto de puntos (que representan una estructura) como un todo y no en forma aislada
Lo novedosos es saber que los metodos mencionados, por ejemplo el ACP no es el mismo, o no se interpreta igual que en los metodos convencionales
La respuesta 2 es:
-Un poco mas sobre como elegir el número de puntos y semipuntos, con más calma y detalle.
Respuesta 3. Si, pienso que el curso me va a ser muy útil, para tener más alternativas en el analisis de mis datos.
Saludos
Arturo
Profesor buen día, envió por este medio porque la cuenta que manejo por la universidad nacional de Colombia no permite sincronización
ResponderEliminar1. aprendí conceptos muy valiosos el día de hoy, debo resaltar el hecho de entender que morfomeria geométrica maneja un tipo diferente de estadística, de otro lado el tipo de pregunta de investigación si es clasificar formas, discriminar o detectar cambio
2. Me gustaría trabajar ejercicios de contornos pues quiero trabajar sobre mandíbulas humanas
3. hasta este momento las expectativas están superadas
Deseo agradecer la oportunidad de asistir a este curso, mil gracias profesor De Luna
Atentamente Martha Patricia Rojas
Yarely Pérez Atilano
ResponderEliminarClase 1, Lunes 11/03/13
Me pareció interesante la forma de establecer los landmarks y sobre todo los distintos factores que se deben de considerar en el momento de la toma de datos (imágenes), pues es un punto crucial e influye directamente en nuestros resultados. Lo que me resultó novedoso fue la forma de establecer los landmarks y semilandmarks. Por otro lado, me surge la pregunta.. ¿Cómo saber qué tipo de análisis estadístico es el adecuado para analizar los datos obtenidos? y por último, puedo decir que hasta el momento se cumplen las expectativas que tenía sobre el curso, pues se muestra de manera clara con base en una serie de ejemplos los términos, análisis estadísticos (de forma general) y métodos para marcar los puntos de referencia.
1- Aunque en realidad todo es nuevo para mi, lo que mas me sorprendio es la gran cantidad de opciones que hay para trabajar con diferentes condiciones, es decir el uso de marcas, semimarcas, contornos, puntos de ayuda, abanicos, peines, etc.
ResponderEliminar2- ¿si tengo varias fotografias de un solo individuo, se puede obtener la forma promedio como lo vimos en el ejemplo del ácaro?
3- Hasta ahora las explicaciones han sido muy claras y creo de la forma adecuada para la comprensión de los que jamas habiamos tenido contacto con la morfometría geométrica.
Luz Sil
Itzi Fragoso Martínez
ResponderEliminarClases Introducción, Hipótesis, Marcas y semi-marcas
1. ¿Cuales son los dos puntos más importantes que aprendió Ud. esta mañana?
-La importancia de no confundir los espacios en los que estan los datos (euclidiano y reimanniano), pues muchas veces al tener el mismo nombre los análisis que podemos hacer, uno puede llegar a asumir que son iguales.
- Lo que me pareció novedoso (a pesar de que es un enfoque o método previo a las SM), fue conocer sobre los análisis de forma utilizando fourrier.
2. Plantee una pregunta
Tal vez hablar un poco más de pasos a seguir o que se debe tomar en cuenta para decidir cual de las plantillas en los análisis piloto son las mejores descriptoras de forma o más eficientes para nuestra estructura/organismo a estudiar.
3. Cumplió con sus expectativas de esta parte?
Si, además me pareció muy amena y fácil de comprender...por el momento
1. Dos puntos más importantes:
ResponderEliminara) Muchos conceptos de la estadística euclidiana no son aplicables a los análisis de morfometría geométrica.
b) El registro de la forma tiene dos lineamientos clave a la hora de tomar las fotografías: que el objeto abarque la mayor parte del campo y que se incluya una escala.
2. Me gustaría conocer más sobre cómo se analiza el desarrollo ontogénico con morfometría geométrica.
3. Sí.
1. ¿Cuáles son los dos puntos más importantes que aprendió Ud. esta mañana?
ResponderEliminar• Tipos de landmarks
• Uso de marcas y semi-marcas
2. Plantee una pregunta
¿Qué tipo de análisis usar para observar si hay diferencia en el gnatosoma de ácaros en lacertilios?
3. Cumplió con sus expectativas de esta parte?
Claro que cumplió con expectativas, aclaro algunas dudas relacionadas con el planteamiento del problema y obtuve nuevos conocimientos acerca de landmarks.
Yulina Martínez Benítez.
Me interesa saber sobre todo como colocar las marcas y si se pueden o no considerar como una sola marca me queda claro ahora si que si mis craneos tienen simetria bilateral puedo considerar aquellos organismos que tienen algun arco zigomatico dañado. todas las habilidades que nos muestran y que debemos considerar otrta parte de la estadistiva que no se usa a como estamos acostumbrados a usarla.
ResponderEliminarver la importancia del dominio del tema de los expositores que lo hacen parecer muy sencillo y que espero que cuando lo tengamos que realizar podamos hacerlo tan sencillo como aparenta.
2.-Me gustaria tener el dominio de los expositores al menos a un 50%
3. Por supuesto que si muchas lagunas que tenia respecto al tema me quedaron muy claras. gracias por su apoyo
Rosa González Monroy
Omar Avalos Hernández
ResponderEliminarDia 1. 11 marzo 2013. Clases: Introducción, hipótesis, registro
1. ¿Cuales son los dos puntos más importantes que aprendió Ud. esta mañana?
- Las pruebas estadísticas que se usan en morfometría geométrica aun cuando tengan el mismo nombre no son las mismas a la estadística común que conozco. Los métodos y programas de computo que conozco no se pueden usar directamente a los datos de coordenadas.
- Todas las marcas son un conjunto y un funcionan algebraicamente como un sólo número. No son variables independientes y el movimiento de una marca no es interpretable biológicamente. He leído artículos que presentan resultados e interpretan el movimiento de una marca en particular. Incluso
Ritchsmeier et al. 2002 YEARBOOK OF PHYSICAL ANTHROPOLOGY 45:63–91 evalúan varios métodos de morfometría geométrica por medio de simulaciones (con una "forma verdadera" conocida y deformaciones simuladas de esta forma verdadera). Según estos autores el mejor método es el que tiene la capacidad de distinguir que marca se movió y hacia donde.
Por lo que se expuso esta mañana entendí que esa interpretación no tiene sentido biológico y un buen método no necesariamente es el que permite determinar individualmente la marca o marcas que se desplazan.
2. Plantee una pregunta
- ¿Existe algún método objetivo para determinar si mis marcas son suficientes para describir una forma? Lo que entendí es que se colocan las marcas, se quita el objeto y las marcas solas deben de describir la forma del objeto pero
además de "a ojo" ¿cómo puedo saber si 10 marcas son suficientes o necesito 5 más o con 5 serían suficientes? Quizá para otra persona la forma de mi objeto de estudio aún no esta definida y necesito más marcas pero para mi con esas es suficientes.
3. Cumplió con sus expectativas de esta parte?
Hasta ahora si. La teoría es suficiente pero falta probar la parte práctica para saber si entendí como colocar las marcas.
causa duda como funcionan los metodos estadisticos riemanianos, que los hace distintos de los metodos estadisticos normales. es importante hacer incapie en que la morfometria geometrica estudia por separadao la forma y el tamaño.
ResponderEliminar¿en que grupos biologicos puede aplicarse la morfometria geomatrica?
si pero me gustaria que la teoria vista sea complementada con ejemplos en algun grupo.
Romano Vázquez García
Itzi Fragoso Mtz
ResponderEliminarLunes 11. Clases: introducción, protocolo, hipótesis, marcas y SM
1. ¿Cuales son los dos puntos más importantes que aprendió Ud. esta mañana?
(podría ser
-lo que me pareció importante fue la aclaración que se dío sobre los espacios en los que se encuentran los datos (euclidiano y riemanniano) y que se debe poner atención al tipo de software que puede procesar cada uno de ellos.
-también (a pesar de no ser un método novedoso) me pareció importante conocer otros enfoques para la descripción de contornos ademas de las Semi-landmarks, como Fourier.
2. Plantee una pregunta
tal vez me gustaría que hablaramos un poco más de los ensayos piloto (puntos a tomar en cuenta) para elegir una plantilla adecuada para la estructura/organismo a estudiar.
3. Cumplió con sus expectativas de esta parte?
Si, además fue una sección muy amena y con preguntas interesantes.
11/03/13
ResponderEliminarCon respecto a las preguntas plantedas,
1. Todo lo que estamos viendo es nuevo para mi, pues este es mi primer acercamiento a la morfometría geométrica. Pero me parece un acierto que desde un principio se revisen ventajas y desventajas del método, así como los problemas que se pueden presentar al aplicarlo. De lo más novedoso para mi, fue la utilización de las semimarcas.
2.Mi participación en el curso, se debe a que deseo aplicar el método en la discriminación de especies. Qusiera ahondar en este tema.
3. La introducción y los temas que hemos visto hasta ahora son accesibles, incluso para personas poco familiarizadas con el método. Hasta ahora el curso me ha gustado y ha cumplido con mis expectativas.
Norma Manríquez
1.lo que mas me intereso es ver que hay varios métodos para llegar a la resolución a una pregunta biológica en particular. lo novedoso fue que se puede hacer en 3D, ya que no había escuchado mucho al respecto. y el cambio en el punto de vista fue sobre la precisión y exactitud de la técnica.
ResponderEliminar2. en cuanto a los descriptores de la forma, se podría ver cuales son las diferencias entre las funciones de coordenadas y contornos, profundizar un poquito más.
3.Si cubre mis expectativas
Saludos, Carolina Solis Z.
Lo que más me intereso el día de hoy fueron las técnicas para diluir el error. Mientras que, lo que me resulto más novedoso fue la idea de intercalar especímenes al momento de poner las marcas. La idea sobre probar diferentes estrategias al momento de poner las semimarcas con MakeFan, me dio ideas para mi proyecto de tesis, cambiando mi punto de vista sobre lo que ya conocía de del software.
ResponderEliminarCon las clases de hoy me surge la pregunta de ¿Cómo debo considerar los contornos de mis muestras (dientes de tiburón)? Por lo que me gustaría aprender más sobre los tipos de análisis de contornos.
Las clases del día de hoy cumplen mis expectativas sobre el curso.
Oscar Uriel Mendoza Vargas
MARÍA DE GUADALUPE LÓPEZ GARDUÑO
ResponderEliminarDATOS
11 DE MARZO DE 2013
¿Cuales son los dos puntos más importantes que aprendió Ud. esta mañana?
No se pueden analizar estadísticamente los datos de morfometría geométrica (coordenadas y contornos) con estadística euclidiana.
Los métodos de morfometría geométrica no pueden desplazar a la morfometría lineal, sigue siendo importante responder algunas preguntas biológicas aplicando la morfometría lineal.
2. Plantee una pregunta
¿Cómo asociar la forma de una estructura a varibles continuas? Por ejemplo, la forma del fémur a la longitud del salto de las ranas.
3. Cumplió con sus expectativas de esta parte?
Sí, fue importante saber que la morfometría geométrica no es más fina, ni más importante que la morfometría lineal, cada una se utilizará dependiendo el objetivo que se necesite cumplir al responder una pregunta biológica.
Ma. Alejandra Rocha Gómez (Clase I, II y III) 11/marzo/2013
ResponderEliminarLo que me pareció mas importante de estas primeras tres clases es la revisión de los términos básicos de la morfometría geométrica y el destacar los errores. Lo que me gustaría que se ampliara son los ejercicios y los ejemplos de tal manera que algunas cosas queden más claras. Finalmente este primer día cumplió totalmente mis expectativas porque me ayudo a entender mejor algunos conceptos y el registro de las marcas.
Para mi, los puntos más relevantes de hoy fueron los múltiples errores que se deben de tomar en cuenta en nuestro estudio y la forma de plantearlo para reducirlos al mínimo, además del hecho de mostrar los puntos débiles que tiene esta técnica (fue una sorpresa que tenga tantos, aun así sigue siendo muy viable)
ResponderEliminarEn la parte que me gustaría profundizar es en la elección de la herramienta más adecuada para mi estudio (aunque creo que es más cuestión de práctica)
Y mis expectativas fueron superadas gracias a la explicación detallada de las generalidades de la técnica
De el primer día aprendí sobre el uso de los semi-marcas y la cantidad de plantillas que puedo utilizar con el fín de perfilar mi contorno,lo que me preocupa un poco es saber si efectivamente estoy escogiendo bien los puntos. Hasta el momento el curso cumple todas mis expectativas y espero al final poderlo aplicar para diferenciar mis insectos a nivel inter e intra poblacional. Saludos.
ResponderEliminarMaríaI.
1) Lo que me resultó mas novedoso fue el uso, aplicación, tratamiento, disposición y análisis de semimarcas; ya que habitualmente había trabajado solo con marcas, dejando por fuera contornos. Me resultó interesante también la gran cantidad de factores que se deben considerar introduciendo error en análisis del tipo morfométrico implementando marcas (en vez de medidas lineales).
ResponderEliminarMe sorprendió la incompatibilidad, en lo relativo a métodos y a la forma de tratar y analizar los datos, entre los diferentes tipos de estadística; así como, propiamente, la existencia de otros tipos de estadística (sinceramente, jamas había escuchado el término "estadística riemanniana"). Este error (trasladar conocimientos y técnicas estadísticas entre diferentes tipos de estadística) lo he estado cometiendo hasta el momento.
2) Que implicaciones, en cuanto a interpretación de resultados, o que errores propiamente conlleva el hecho de analizar datos obtenidos con técnicas morfométricas (coordenadas procrustes por ejemplo) con análisis estadísticos, o más bien paquetes estadísticos, cuya base es del tipo bayesiano?
3) Sí. Me parece imprescindible sentar las bases (conceptos, técnicas, etc) para un mejor entendimiento y aprovechamiento de la técnica como tal.
Arturo Angulo